什么是真菌性角膜炎？这个首先得从什么是真菌开始说起，真菌是一种真核生物，只能靠吸收和分解有机物作为自己的营养，一般情况下不会侵犯正常角膜，但当有眼外伤、角膜炎症等情况时就可能变为致病菌，引起角膜继发性真菌感染。
真菌性角膜炎并不少见，夏秋农忙季节发病率高，是一种致盲率极高的感染性角膜病，起病缓慢、病程长，常在伤后数天内出现角膜溃疡，刺激症状较轻，但真菌穿透性强，进入前房或角膜穿破时易引起真菌性眼内炎，在临床上较难诊断，容易误诊，常因治疗不当而造成失明。
一般情况下，根据角膜植物损伤史，结合角膜病灶的特征，可作出初步诊断。实验室检查找到真菌和菌丝可以确诊，但有些时候单纯刮除上皮镜检微生物可能获得阴性结果，且真菌性角膜炎病原体多位于基质层，这给我们的诊断带来了一定的困难，但共聚焦显微镜的出现弥补这一缺点，它可以通过非侵入性成像技术,对角膜各个组织层次进行成像,其高检出率及快速诊断的特点已成为诊断真菌性角膜炎的重要检查手段.同时通过其无创、重复、非侵入性操作,还在真菌性角膜炎病人的随访过程中被用于评估其疗效和治愈程度，所以对感染性眼病诊断，不应仅局限于一种手段，共聚焦显微镜检査联合传统刮片、培养会使诊断更加可靠准确。